Nacque nell’isola greca di Lesbo e nel 1639 venne eletto metropolita di Chio. Il 26 luglio del 1656 divenne Patriarca Ecumenico di Costantinopoli succedendo a Joannicus II. Schieratosi con i russi negli scontri per il controllo della Chiesa in Ucraina, nel 1656 denunciò la confessione di fede del 1643 del precedente metropolita di Kiev, Pietro Mogila, considerata troppo vicino alla dottrina Cattolica. La Confessione di Fede di Pietro Mogila, era stata tuttavia già approvata da tutti i patriarchi di lingua greca nel 1643 e venne nuovamente approvata nel 1662 dal patriarca Nettario di Gerusalemme e dal sinodo di Gerusalemme del 1672. Partenio fece inoltre seppellire i resti recuperati su una riva, del suo predecessore a Chio, Cirillo Lucaris, che era stato ucciso nel 1638 su una nave nel Mar di Marmara e gettato nelle acque. Per raccogliere fondi per quell’impresa, Partenio inviò alcune lettere ad un vescovo greco nel regno russo, all’epoca nemico politico dell’Impero ottomano. La sua corrispondenza venne intercettata e consegnata al Gran Visir, Mehmet Köprülü, che decise che Partenio, avrebbe dovuto essere processato per tradimento. Sebbene le accuse si fossero dimostrate false, il sultano Mehmed IV ordinò la sua impiccagione per “dare l’esempio a coloro che potrebbero provare in futuro”. L’unica opzione che gli fu data per essere scagionato dalla pena capitale fu quella di convertirsi all’Islam, ma Partenio rifiutò. Così il 24 marzo del 1657 Partenio, insieme ad una grande folla di Fedeli, camminò dalla prigione fino ad un luogo di Costantinopoli, chiamato Parmak Kapi, “Porta dell’amo” dove venne impiccato. Rimase impiccato per tre giorni e successivamente gettato in mare. Il suo corpo venne trovato dai Cristiani e fu sepolto nel monastero di Kamariotissa, sull’isola di Chalki.
